民眾有一筆農地，持分為全部，去年10月間持公所核發的農業用地作農業使用證明書，向雲林縣稅務局申報土地增值稅，採農地移轉予自然人不課徵土地增值稅的方式，將一半持分移轉給兒子並到地政機關辦妥登記。今年元月持同一份農地農用證明再度申報土地增值稅，打算將剩餘持分移轉給女兒，稅務局卻請他重新申請，民眾不解農地農用證明還在6個月有效期限內，為什麼必須重新申請?
雲林縣稅務局表示，農業用地作農業使用證明書明訂有效期間6個月，主要是希望促使地主在6個月內完成農地移轉登記應辦的程序，並不是指農地農用證明的證據力持續6個月。本案民眾將農地的持分移轉一半給兒子後，土地的所有權人已與去年10月份開立農地農用證明時的狀況不同，而且財政部在民國90年間已經明確規定農地農用證明雖然還在有效期間內，但是民眾移轉部分持分後，因時點及權利主體不同，若需再度辦理移轉登記及賦稅減免手續時，應另行申請農地農用證明，才能適用不課徵土地增值稅之規定。所以農地移轉部分持分後，原來的農地農用證明不能沿用，必須重新申請才行。