合法登記之工廠供直接生產使用的自有房屋，納稅人可申請按營業用稅率減半(即稅率1.5%)徵收房屋稅，但向主管機關申請取得特定工廠登記之違章房屋，與合法工廠不同，不適用減半徵收優惠。
臺南市政府財政稅務局說明，所謂「合法登記之工廠」是指領有使用執照之合法房屋，並依工廠管理輔導法申請許可登記之工廠，且須供直接生產使用的自有房屋，房屋稅可按營業用稅率減半徵收。而依特定工廠登記辦法取得「特定工廠登記之廠房」，於有效期間內，雖不受土地使用及建築法規之相關處罰，並得准予接水、接電及使用，但仍須取得土地及建物合法使用之證明文件，才可依相關規定申請登記為合法工廠，倘僅取得特定工廠登記，非屬合法工廠，房屋稅不適用減半徵收優惠，仍應按營業用稅率(3%)徵收。