房屋稅係對固定於土地上之建築物及增加該房屋使用價值之附屬建築物為課徵對象。而農業用房屋也是房屋一種，依法應課徵房屋稅。
臺南市政府財政稅務局進一步說明，農業用房屋中若有使用情形為專供飼養禽畜房舍、培植農產品之溫室、稻米育苗中心作業室、人工繁殖場、抽水機房或專供農民自用之燻菸房、稻穀及茶葉烘乾機房、存放農機具倉庫及堆肥等使用，可向房屋所在稽徵機關申請免徵房屋稅。如果是供烘培非培植、供醃漬蔬菜、洗選作業等農產加工或集貨包裝使用的農業用房屋，則不在上開免徵房屋稅範圍，依法仍應課徵房屋稅。
該局提醒民眾，農業用房屋如有符合上開免徵規定，為保障納稅義務人權益，請在減免原因發生日起30日內提出申請，以節省房屋稅負擔；超過30日才提出申請者，自申請當月起才准予免徵。